마늘 양파를 재배할 때 가장 문제시 되고 있는 흑색썩음 균핵병은  처음에는 일부지역에 국한되어 발생했으나 지금은 매우 넓은 면적에 확산되어 발생하고 있으며, 마늘 외에 파, 양파, 쪽파에도 피해를 주고 있다. 또한 발생초기에는 한지형 마늘에는 발생하지 않았으나 그 후 서해안지방의 한지형 마늘에서 병 발생이 확인되어 앞으로 한지형 마늘재배에 큰 피해를 주고 있다.

마늘 지상부가 황변하여 고사하는 증상
농진청에 따르면 병원균은 균핵상태로 토양 속에서 여름을 휴면한 후 9∼ 10월 마늘 파종과 함께 발아하여 기주에 침입, 추운 12∼1월 동안은 잠시 멈추었다가 2월 초·중순경부터 발생이 시작, 육안으로 병징을 볼 수 있다.
점차 기온이 높아지면서 병발생이 증가, 4월 상·중순에 가장 피해가 크며, 고온기인 5월 이후에는 발병이 급격히 줄어 든다. 포장에서의 병징은 마늘 지상부가 황변하여 고사하는 증상으로 나타난다. 지하부의 구근에는 처음 흰균사가 나타나며, 병이 진전되면서 구근 껍질에 흑색의 균핵이 형성된다. 심하면 구 전체가 흑색으로 변하여 썩고 지상부는 고사한다. 토양병해이므로 대부분 군데군데 집단으로 발생하여 큰 피해를 주는데, 객토한 밭이나 발생초기는 산발적으로 나타날 수도 있다.

흑색썩음균핵병은 마늘이 연작되는 밭마늘 재배지대에서 문제가 되며, 논마늘 재배지는 거의 문제가 되지 않는데 그것은 균핵이 담수하에서 오래 생존하지 못하는 것으로 볼 수있다.
발병 온도는 마늘 생육과 비슷한 15∼ 20°C 온도에서 격발하며 25°C 이상의 고온에서는 거의 발병되지 않는다. 토양산도의 범위는 비교적 매우 넓으며, 퇴비, 화학비료, 석회질소의 시용은 병의 발생에 영향을 준다.

후작으로 벼 재배하는 것이 병원균의 밀도 낮추고
병 발생 줄이는데 가장 효과적
답전윤환이나 이모작이 가능한 지역에서는 후작으로 벼를 재배하는 것이 병원균의 밀도를 낮추고 병 발생을 줄이는데 가장 효과적이다. 병발생이 심한 포장은 4∼5년간 파속(Allium속) 식물 외의 작물로 돌려짓기를 해야한다. 발병포장을 포크레인으로 깊게 흙을 반전시키면 균핵이 땅속깊이 매몰되어 그 해에는 방제효과가 있으나 2년째부터는 큰 효과가 없다.
병든포기는 일찍 제거하여 다른 포기로의 확산되지 않도록 하고, 종구는 가급적 병 발생이 되지 않은 포장의 종구를 사용해야한다. 병원균은 대표적인 토양전염성 병원균이므로 병든 포장의 흙에의해 옮겨진다.
작업시 농기계(트랙터, 경운기 등)나 농기구(삽, 괭이, 호미 기타)등이 병든 포장의 흙을 묻혀 건전 포장으로 옮겨지지 않도록 주의하고, 발병 포장 작업 후에는 반드시 기구를 깨끗이 세척해야 한다.
등록약제로 농약안전사용기준에 따라 방제한다.   

(주)경농 저농도 저약량으로도 확실하게 ‘크린캡’ 유제
- 기존 약제 내성 발현균에 우수한 효과   - 발병 전(발병 초기)부터 예방살포 시, 분생포자의 발아 저해 효과가 뛰어남
- 포자형성 저해작용이 강하여 2차 감염 방지  - 균사신장 저해작용에 의한 치료효과도 기대  - 작물 및 유익충, 환경에 대한 안전성이 우수

아그리젠토(주)   확실한 토양 살균제 ‘안심탄’ 입제
- 강하고 빠른 침투이행성 입제  - 작물의 병해 예방 및 치료를 동시에  - 작물의 뿌리 생육 촉진효과  - 잎, 과실의 생육 촉진

(주)농협케미컬 침투력·보호력·잔효력을 갖춘 종합살균제 ‘카디스’ 입제·액상수화제
- 병원균의 여러 진전 단계에 작용 - 뛰어난 예방 치료 효과  - 침투이행성이 매우 뛰어나 토양 내 존재하는 병원균 방제
- 뿌리 통한 식물체내로의 감염 효과적 차단  - 토양 적당히 마른 후 처리하는 것이 효과적

(주)남보 공시-3-4-020  ‘팡이코마’ 수화제
- 식물병원성 진균의 균사 생장 억제에 도움을 주는 용균곰팡이 - 특허 균주 Trichoderma atroviride는 알래스카 동토지역에서 분리한 식물병원성 저온곰팡이
식물병원성 곰팡이에 대한 부생성 살균곰팡이로 4℃ 이하 저온에서도 왕성한 균사 생장을 가지며 극한의 조건에서도 강력하고 지속적인 방제
- 마늘 흑색썩음균핵병에 방제효과가 있음 - 인축, 환경, 식물에 전혀 해로움이 없음 -

(주)동방아그로  흑색썩음균핵병 토양처리 ‘균핵탄’ 입제
- 편하게 살포하는 흑색썩음균핵병 전문약  - 메트코나졸 함유 약제로 병원균 침입 방해하고, 강력히 억제
- 종구파종전 1회 살포로 편리함.  - 토양혼화처리로 약효지속성이 우수하여 안정적인 효과 보임
 

신젠타코리아(주) 흑색썩음균핵병 방제의 신규물질 ‘미래빛’ 액상수화제
- 강력한 효과의 차세대 신규물질 피디플루메토펜 18.35% - 잎의 왁스층에 빠른 침투 - 강한 부착력으로 강우에도 뛰어난 내우성과 지속성
- 마늘, 양파 월동 후 사용가능한 액상수화제로 등록되어 안전하고 효과적으로 사용

(주)팜한농  흑색썩음균핵병, 핵폭탄으로 깨끗하게 방제! ‘핵폭탄’ 입제
- 파종·정식 전 처리로 토양 내 흑색썩음병원균 밀도 감소시켜 탁월한 방제효과 발휘 - 토양 중에 지속적으로 유효성분이 녹아 나와 잔효력 우수
- 가스가 발생하지 않아 시설 내 사용 안전 - 후작물에도 약해 없이 안전

성보화학(주)  흑색썩음균핵병 전문 살균제 카스텔란 수화제·입제
- 각종 원예작물의 다양한 병해 살균효과 - 내우성과 침투력 우수, 예방 효과와  치료 효과 겸비한 살균제
- 물 20ℓ에 카스텔란 10g(2,000배) 희석해  종구 파종전 토양에 관주처리하거나  카스텔란 입제를 파종전 토양전면처리로 우수한 효과
- 입제는 마늘, 양파, 파, 쪽파에 흑색썩음균핵병 등록
 

바이엘크롭사이언스(주) 흑색썩음균핵병 전문약제! ‘실바코’ 입제
- 마늘, 양파, 파(쪽파 포함)에 흑색썩음균핵병 효과 매우 우수 - 뛰어난 침투이행성과 약효 지속효과
- 침투이행성이 뛰어나 토양혼화처리로도 뿌리와 종구에 흑색썩음균핵병 감염 효과적 방지- 잔효력이 길어 정신 전 처리로도 생육초기의 발병 억제 - 입제 제형으로 사용이 편리

SG한국삼공(주)  진짜 쎈놈이 온다 ‘스포르곤’ 입제
- 프로클로라즈망가니즈로 만들어진 토양병 전문 방제약 - 작물의 모든 조직에 고르게 퍼져 예방과 치료를 동시에 - 약해 없이 안전하게 사용가능- 다양한 곰팡이성 병원균 방제효과 우수