겨울철은 1년 중 가축분뇨 처리 시설 관리가 가장 어려운 시기이므로 지속적인 관심과 세심한 유지 관리가 필요하다. 농촌진흥청(청장 이양호)은 추워진 날씨에 가축분뇨 퇴·액비화, 정화, 바이오가스화 시설의 관리 방법을 제시했다. 분뇨 처리 시설의 효율은 처리 시설에 존재하는 미생물의 활력에 의해 결정된다. 미생물은 시설의 상태와 내부 환경 조건에 민감하게 반응하므로 시설 관리를 철저히 해야 한다.

퇴적식 퇴비사의 경우, 햇볕이 잘 들지 않고 벽과 바닥의 온도가 낮은 북쪽보다는 상대적으로 온도가 높은 남쪽에 퇴비를 쌓는다. 찬 기운이 퇴비사 안으로 들어오지 않도록 외벽이나 윈치커튼 등을 점검하고 밤에는 외부 공기를 차단한다. 눈 녹은 물이 흘러들면 바닥이 얼 뿐 아니라, 퇴비단에 흡수되는 경우 퇴비화 효율이 떨어질 수 있으므로 퇴비사 입구에 턱을 만들어 준다. 흙, 톱밥으로 임시 턱을 만드는 것도 한 방법이다. 교반(혼합)식 퇴비화 시설은 하루 중 가장 따뜻한 시간대에 교반기를 가동하는 것이 좋다.

지상형 액비화 시설은 지붕과 벽체 사이 공간을 보온 덮개 등으로 막아 내부 온도가 낮아지는 것을 최대한 막는다. 폭기 시설은 낮에 가동해 저장조 상층부의 액비가 얼어붙지 않도록 하고, 액비 상층부가 완전히 얼었을 때는 가동하지 않는다. 배관 시설은 사용 후 남아 있는 물을 완전히 빼 얼지 않게 한다. 가축분뇨 정화 처리 시설은 온도가 낮은 시기에 미생물의 활력이 낮아지므로 방류수 상태를 수시로 점검하고, 평소보다 방류수 상태가 나빠지면 분뇨 유입량을 줄인다. 폭기조의 온도가 낮아지면 정화 효율도 같이 낮아지므로 차가운 분뇨를 한 번에 넣지 않도록 한다.