장마가 지나고 나면 각종 병해로 농작물은 몸살을 앓는다. 그중에서 응애는 고온을 좋아하는 병충해로 번식력이 왕성해 초기에 집중 방제해야 효과적이다.  
응애의 방제방법에는 경종적 방제와 생물적 방제가 있다. 생물적 방제는 응애의 천적을 이용한 방제로 대량생산한 천적을 방사하는 방법과 천적을 보호하는 방법 두 가지가 있다. 잎을 가해하는 식식응애의 천적으로는 이리응애과에 속하는 포식성 응애를 천적으로 많이 이용한다.   

천적을 대량생산하여 대량 투입하는 생물학적 방제
과거의 전통적인 생물적 방제는 원산지에서 천적을 도입해 몇 차례 방사하여 영속적으로 해충을 방제하는 방법을 이용했다. 그러나 환경이 파괴되고 단절된 현재의 농업 생태계에서는 이런 전통적인 방법이 어려워졌다. 특히 시설 작물의 재배 환경은 밀폐조건으로 생태계가 단절돼 대량생산 천적을 투입하는 생물적 방제가 더 용이하다.

천적을 이용해 응애를 방제하기 위한 조건은 ▲다른 해충이 침입 못하게 밀폐 되어야함 ▲정식과 함께 천적을 넣어야함 ▲천적에 적합한 온도 습도 조성 ▲천적에 영향을 주는 농약을 사용해서는 안 됨 등이 있다.
해충 발생에 부적합한 재배환경 조성하는 경종적 방제
해충의 경종적 방제란 해충의 발생원을 줄이고, 외부로부터 침입을 억제하며, 해충의 발생에 부적합한 재배환경으로 조절하고, 해충의 발생 시기를 피하여 작물을 재배하며, 내충성 품종을 재배하는 등의 방법을 통하여 해충의 발생을 억제할 수 있는 방제법이다. 이러한 방제수단은 하나하나로 보면 크지 않으나 이들 방제법을 실천하면 방제효과를 크게 거둘 수 있다. 

날개가 없는 응애, 서식처를 없애고 외부와 차단
논 한가운데 시설 채소를 재배하면 처음 1∼2년 동안은 응애 발생이 없거나 심하지 않다. 응애 발생이 우려되는 딸기, 참외 등 작물을 재배할 때는 이들 작물과 격리된 곳에서 재배하면 응애 발생을 줄일 수 있다. 그러나 이와 반대로 인근 포장에 응애 발생이 많은 작물을 재배하면 응애 발생이 문제될 수 있다. 시설작물에 발생하는 응애의 발생은 시설 내에 있는 것이 발생하는 경우보다 묘에 묻어서 오는 경우가 많다. 묘에서 응애 발생 확인은 쉽지 않으므로 일단 정식하기 전에 살비제를 충분히 살포하여 방제해야 한다.
응애는 날개가 없어 시설 내부에 청소를 잘 하여 서식처를 모두 없애고, 외부와 잘 차단하면 효과적이다. 수확 잔재물, 제거한 잡초 등 응애가 붙어 있을 만한 모든 것은 시설 밖으로 옮겨야 하고, 시설 근처에 방치하면 다시 시설 내로 이동하여 침입할 수 있으므로 논이나 작물 재배를 하지 않는 곳으로 옮겨 놓거나 불에 태워버려야 한다.

건조하고 온도가 높은 곳을 좋아하는 응애
응애 발생에 좋은 환경은 건조하며 온도가 높은 곳이다. 따라서 노지보다 시설에서 응애 발생이 많다. 응애가 많이 발생하는 작물은 딸기, 장미 등 장미과 작물, 수박, 참외, 오이 등 박과 작물에 많다. 따라서 응애는 시설에서 딸기, 장미, 수박 등을 재배하는 곳에서 발생이 많다. 이와 같은 작물을 연작하면 계속 응애 문제가 있다. 그러나 이들 작물 다음 작물로 벼 또는 배추 등 십자화과 작물을 재배하면 응애 발생을 줄일 수 있다.

약액에 접촉하지 않은 응애는 죽지 않고 빠르게 증식
응애는 농약에 대한 저항성이 잘 발달 하는 해충이다. 농약에 대한 내성을 갖지 않게 하기 위해서는 농약사용량을 줄여야 한다. 경제적으로 피해가 염려될 때만 살포해야 한다.
또한 농약선택도 중요하다, 기계유제는 물리적으로 응애를 죽이므로 약제저항성 발달과 관계없는 약재이다. 그러나 기계유제는 작물에 약해의 위험성이 높아 주의할 필요가 있다. 유기합성 살비제는 동일 약제나 동일 계통의 약제를 계속 사용하는 것을 피해야한다. 응애를 죽이는 효과뿐만 아니라 다른 해충도 효과가 있는 약제는 계속 사용하면 교차저항성이 생길 수 있기 때문이다. 농약은 정해진 안전 기준에 따라 사용해야하며  응애는 잎 뒷면에 서식함으로 잎 뒷면에 약액이 닿게 충분히 뿌려 주어야 한다. 직접 약액에 접촉하지 않은 응애는 죽지 않고 살아 증식하기 때문에 응애의 피해가 있는 곳을 중점적으로 살포해야 효과적인 방제가 가능하다.   

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