마늘 양파를 재배할 때 가장 문제시 되고 있는 흑색썩음 균핵병은 1988년 고흥지방 난지형 마늘에서 흑색썩음균핵병이 처음 보고된 이후 처음에는 일부지역에 국한되어 발생했으나 지금은 매우 넓은 면적에 확산되어 발생하고 있으며, 마늘 외에 파, 양파, 쪽파에도 피해를 주고 있다.
또한 발생초기에는 한지형 마늘에는 발생하지 않았으나 그 후 서해안지방의 한지형 마늘에서 병 발생이 확인되어 앞으로 한지형 마늘재배에 큰 피해를 주고 있다.

농진청에 따르면 병원균은 균핵상태로 토양 속에서 여름을 휴면한 후 9~ 10월 마늘 파종과 함께 발아하여 기주에 침입, 추운 12∼ 1월동안은 잠시 멈추었다가 2월 초·중순경부터 발생이 시작, 육안으로 병징을 볼 수 있다. 점차 기온이 높아지면서 병발생이 증가, 4월 상·중순에 가장 피해가 크며, 고온기인 5월 이후에는 발병이 급격히 줄어 든다. 포장에서의 병징은 마늘 지상부가 황변하여 고사하는 증상으로 나타난다. 지하부의 구근에는 처음 흰균사가 나타나며, 병이 진전되면서 구근 껍질에 흑색의 균핵이 형성된다. 심하면 구 전체가 흑색으로 변하여 썩고 지상부는 고사한다.

흑색썩음균핵병은 마늘이 연작되는 밭마늘 재배지대에서 문제가 되며, 논마늘 재배지는 거의 문제가 되지 않는데 그것은 균핵이 담수하에서 오래 생존하지 못하는 것으로 볼 수있다. 발병 온도는 마늘 생육과 비슷한 15∼ 20°C 온도에서 격발하며 25°C 이상의 고온에서는 거의 발병되지 않는다. 토양산도의 범위는 비교적 매우 넓으며, 퇴비, 화학비료, 석회질소의 시용은 본 병의 발생에 영향을 준다. 기주범위는 파, 양파, 쪽파 등 Allium속 식물을 침입하는데 우리나라 남부지방의 양파 재배지에도 발생하여 큰 피해를 주고 있다.

답전윤환이나 이모작이 가능한 지역에서는 벼를 재배하면 매우 효과적이며 병발생이 심한 포장은 4∼ 5년 Allium속 식물 외의 작물로 돌려짓기를 하는 것이 좋다. 또한 발병포장을 포크레인으로 깊게 흙을 반전시키면 균핵이 땅속깊이 매몰되어 당년에는 방제효과가 있으나 2년째부터는 큰 효과가 없다파, 양파 등에 흑색썩음균핵병이 발생한 포장은 마늘재배를 피하는 것이 좋다, 병든 포기는 일찍 제거하여 다른 포기로의 확산을 방지해야한다, 종구는 가급적 무발병 포장의 종구를 사용하는 것이 좋다.
마늘 흑색썩음균핵병은 대표적인 토양 전염성 병해이므로 작업시 농기계(트랙터, 경운기 등), 농기구(삽, 괭이, 호미 기타)등에 이병포장의 흙을 묻혀와 건전포장을 이병화시킬 수 있으므로 이병포장 작업시는 작업 후 반드시 기구를 깨끗이 세척해야 한다.

농진청에 따르면 현재 작물 생육중에 살포하는 약제는 등록약제로 농약안전사용기준에 따라 방제해야하며  토양소독제로는 다조메입제(30㎏/10a)을 파종 4주전 토양혼화처리후 비닐멀칭하여 훈증(2주)한 다음 비닐제거 후 2∼ 3회 경운하고 2주이상 가스를 휘산시킨 후 파종한다. 또한 베노밀 수화제의 종구 습분의 처리가 흑색썩음균핵병 방제에 매우 좋은 것으로 나타났다. 효과가 매우 좋은 습분의 처리는 종구를 1㎏당 20㎖ 물로 촉촉이 적신 다음 사용하고자 하는 농도의 약량을 골고루 묻혀 그늘에서 말려 파종하는 방법이다. 이 방제법의 원리는 약제가 종구에 묻어 종구소독 효과도 있을 뿐만 아니라 약성분에 의해 토양에 존재하고 있는 병원균의 침입을 막아 방제효과가 나타난다.    

(주)동방아그로 - 흑색썩음균핵병 토양처리 입제 ‘균핵탄’ 입제 / 경제적인 흑색썩음균핵병 방제 ‘몬스터’ 입제

(주)팜한농 - 한번 처리로 마늘ㆍ양파 병해충 동시 방제 ‘통타’ 입제 / 적은 양으로도 강력하게  ‘만데스’ 액상수화제

(주)경농 - 마늘·양파 흑색썩음균핵병 전문약제 ‘벨리스플러스’ 입제 / 신규물질 노균병 전문 약제  ‘퀸텍’ 액상수화제

신젠타코리아(주) - 흑색썩음균핵병 방제 ‘플레이’ 유제

(주)농협케미컬 - 뛰어난 침투이행성으로 예방 및  치료를 동시에 ‘카디스’ 액상수화제

성보화학(주) - 흙속의 기적! 토양 살균제 ‘흑균탄’ 입제

SG한국삼공(주) - 진짜 쎈놈이 온다 ‘스포르곤’ 입제