논에서 재배하는 보리·밀은 수확과 건조 작업이 모내기 일정과 겹쳐 수확을 앞당기는 경향이 있다. 특히 콤바인을 이용해 수확 적기보다 앞당겨 수확할 경우, 낱알이 으깨지고 수분이 많아 건조시간이 길어질 뿐만 아니라 고온 건조에 의해 품질이 떨어진다. 밀과 보리 수확기를 앞두고 고품질 맥류 생산을 위해 수확 적기 준수와 수확 후 관리가 필요한 것으로 나타났다.

알맞은 수확 적기로 보리는 35일 경이며, 밀은 이삭이 팬 후 최소 40일∼45일경이다. 하지만 최근 맥류도 건조저장센터(DSC)를 이용한 산물수매처리가 이루어져 종실 수분이 20% 이하가 될 수 있도록 일반 수확 시기보다 2일~3일 늦게 수확하는 것이 좋다. 밀은 보리가 섞여있으면 밀가루의 품질을 크게 떨어뜨리므로 보리를 반드시 분리해야 하며 종자용으로 활용할 경우 다른 품종이 섞이지 않도록 수확 전 형태, 색깔 등이 다른 종자들을 골라내야 한다.

갓 수확한 보리와 밀은 수분이 많아서 한곳에 오래 쌓아 두면 변질되기 쉽다. 최근 산물수매 등 대형 포대를 활용한 수확작업이 많이 이루어지고 있는데 대형 포대에 수확한 밀과 보리는 수확 후 4시간 이내에 건조를 해야 품질이 떨어지는 것을 막을 수 있다. 수확한 보리와 밀은 건조온도를 낮춰 수분함량이 밀은 12%, 보리는 14% 이하가 되도록 말린다. 말린 보리, 밀은 15℃ 이하(상대습도 75% 이하)의 저온에서 저장한다. 별도의 저온 저장시설이 없을 경우 건조가 완료된 보리와 밀은 비닐 등으로 밀봉 저장해 수분이 재흡수되는 것을 방지하고 곰팡이나 해충이 발생하지 않도록 한다.